• Ecología de dispersión de semillas
• Ecología y conservación de bosques tropicales
• Ecología y conservación de aves y mamíferos tropicales

Líneas de investigación

• Biología de la conservación
• Modelos ecológicos
  

• Calidad de vida y pobreza urbana y rural
• Movimientos sociales y conflictos ambientales
• Ciudades sustentables, gestión y planeación urbana
• Culturas del agua, hidropolítica y vulnerabilidad socio-ambiental

Biodiversidad y funcionamiento de ecosistemas

• Biodiversidad  y servicios ambientales
• Servicios ambientales y estructura de comunidades vegetales
• Ecología de comunidades y conservación

Ecología del hábitat alterado

• Regeneración de selvas en sistemas naturales y perturbados
• Ecología de la fragmentación
• Interacciones planta-animal y planta-patógeno en sistemas alterados
  

• Ecología y evolución del manejo de recursos vegetales
• Manejo sustentable de recursos vegetales
• Evolución bajo domesticación y conservación de recursos genéticos

• Procesos de generación, comunicación y utilización del conocimiento ecológico
• Dimensiones sociales del manejo de ecosistemas

• Fisiología ambiental de plantas CAM
• Ecofisiología reproductiva de plantas
• Fisiología de la conservación

• Interacciones bióticas
• Ecología de la fragmentación
• Restauración de ecosistemas
• Ecología de especies invasoras

• Ecología de la defensa química de las plantas contra sus consumidores
• Ecología y biogeografía de malezas
• Ecología de plantas invasoras

• Apropiación y manejo de recursos naturales
• Economía ecológica de áreas naturales protegidas
• Economía ecológica y política ambiental
• Valoración económica y multicriterial

• Biogeoquímica de suelos
• Suelos y cambio climático global

• La relación entre la diversidad vegetal y la diversidad microbiana
• El ciclo del carbono y el cambio climático global 
• El potencial de los microorganismos en la restauración de ecosistemas y en la protección del suelo y su fertilidad

• Evolución de la diversidad genética y conservación
• Análisis genético de caracteres adaptativos en plantas
• Respuesta de poblaciones naturales al cambio climático global

• Biogeografía
• Ecología de comunidades y florística
• Análisis de la biodiversidad para diseño de áreas prioritarias

• Biogeoquímica de ecosistemas tropicales
• Consecuencias del cambio de uso del suelo

• Desarrollo de técnicas de propagación de especies útiles para restauración ecológica
• Restauración ecológica comunitaria
• Modelaje del proceso de restauración ecológica

• Ecología de ecosistemas
• Hidrología forestal de selvas bajas estacionales
• Uso, conservación y restauración de ecosistemas tropicales

• Ecología de poblaciones y comunidades
• Procesos de regeneración de selvas
• Demografía y manejo de recursos naturales

• Cambio climático global
• Energética rural
• Análisis de sustentabilidad del manejo de recursos naturales

• Patrones y procesos de especiación en plantas
• Coevolución entre insectos y plantas
• Manejo de recursos genéticos

• Ecología funcional de plantas
• Ecología de la restauración de bosques
• Ecología comparativa de historias de vida en plantas

• Ecología de recursos forestales
• Ecología de bejucos
• Manejo de recursos naturales en comunidades rurales

• Fragmentación e interacciones bióticas en bosques tropicales
• Efecto de la fragmentación en la biología reproductiva y flujo génico de plantas
• Efecto de la herbivoría en árboles tropicales

• Diversidad funcional
• Fisiología ecológica
• Monitoreo de poblaciones

• Ecología y conservación de mamíferos tropicales
• Visión cromática en primates
• Efecto de la fragmentación del bosque sobre mamíferos

• Etnoecología teórica y aplicada
• Ecología política
• Análisis de la investigación ecológica y el desarrollo sustentable